HKScanilla on Baltiassa useita toimipaikkoja.
Rakvere on tunnetuin ja rakastetuin virolainen liha- ja lihatuotteiden tuottaja, joka on toiminut jo vuodesta 1890 lähtien. Rakveren tuotantoyksikkö on kooltaan 41 900 neliömetriä, ja siellä työskentelee 780 ihmistä. Lihanjalostuslaitoksella valmistetaan käsittelemättömiä jäähdytettyjä ja jäädytettyjä tuotteita, marinoitua lihaa, keitettyjä ja savustettuja lihatuotteita, lihakääryleitä, kinkkua, makkaraa, nakkeja, pikkupurtavia ja jauhelihaa.
Tallegg on ainoa virolainen kotimaisen siipikarjan tuottaja, ja se on toiminut vuodesta 1956 lähtien. Tabasalu-tehdas uudistettiin vuonna 2013. Tuotantolaitos on 13 000 neliömetrin kokoinen, ja siellä työskentelee noin 190 henkilöä. Lihanjalostuslaitoksessa valmistetaan keittämättömiä jäähdytettyjä ja pakastettuja lihatuotteita, marinoitua lihaa, paahdettuja ja savustettuja lihatuotteita, lihakääryleitä, kinkkua, makkaraa ja välipaloja. Talleggilla on Virossa 11 maatilaa, jotka sijaitsevat Tallinnan läheisyydessä. Niistä neljä on siipikarjan kasvatustiloja, yksi hautomo ja kuusi broileritiloja.
Jelgava on latvialainen lihatuotteiden valmistaja, joka on toiminut vuodesta 1935. Jelgavan tuotantolaitos uudistettiin vuonna 2004. Tehdas on kooltaan 4 758 neliömetriä, ja se työllistää 115 henkilöä. Lihanjalostusyksikössä valmistetaan niin keitettyjä makkaroita, salameja, dumplingeja, lihapullia kuin hitaasti keitettyjä tuotteitakin. Ne tuotetaan Rigas Miesnieks-, Rakvere- ja Klaipedos Maistas -tuotemerkeille.